#20220122 Alzheimer Teşhisi İçin Genom Çapında Veri Analizi

Alzheimer hastalığının gelişme sebepleri hala kesin bir şekilde bilinmemektedir. Farklı alanlardan yardım alarak, hastalık aydınlatılmaya çalışılmaktadır. Biz de hastalık için sağlanan genetik verileri bilgisayar bilimi yöntemleri ile birleştirip, hastalığın erken teşhisine yardımcı olabilecek bir model oluşturmayı amaçlıyoruz. Projemiz iki farklı veri tipini kullanmaktadır: mikrodizi ve tek nükleotid farklılıkları (SNP). Bu veri kümeleri açık kaynaklı olarak araştırmacılar ile paylaşılmaktadır. Mikrodizi veri kümesinde genlerin aktivitesi belirli zamanlarda üretilen mRNA miktarları üzerinden ölçülmektedir. SNP veri kümesinde genlerin üzerindeki nükleik asitlerden sadece bir değişimin belirli özellikleri sunulmaktadır. Projemizde mikrodizi verisinden gelen bilgi, biyolojik etkileşim ağ yapısına eklenmiş ve anlamlı şekilde kümelenen fonksiyonel modüller tespit edilmiştir. İkinci aşamada bu modüller içindeki genlere ait elde edilen SNP bilgileri ile eğitilen bir makine öğrenmesi modeli, kliniğe yeni gelmiş bir bireyin Alzheimer hastalığı riskini ölçmektedir. Bu hastalık teşhis modelini bir kullanıcı ara yüzü ile birleştirip, web tabanlı bir uygulama olarak da kullanıma açmayı planlıyoruz.

Alzheimer hastalığı gelişme sebepleri henüz tam olarak aydınlatılamadığı için araştırmalar devam etmektedir. Bu projede farklı genetik veriler optimal bir şekilde birleştirilerek, bir makine öğrenmesi ile Alzheimer hastalığının genetik teşhisi yapılması amaçlanmaktadır.

Alzheimer hastalığı şu anda hastalıklar arasında popüler konumda olsa da hastalık üzerinde genetik çaptaki veri analizleri genelde sadece SNP ya da sadece mikrodizi verileri üzerinden yapılmaktadır. Bizim projemizde ise bu iki veri tipi birleştirilerek daha etkin bir teşhis modeli oluşturulmaktadır.

İki öğrenci ve bir akademik danışmanın bize sunduğu imkanlar sayesinde projeyi başarılı bir şekilde ilerletebiliyoruz. Proje bittiğinde, istediğimiz sonuçlara ulaşabilirsek sadece bilgisayar ve internet bağlantısı ile projeye erişim sağlanabilecektir.

Yok

Yok

Alzheimer hastalığının teşhisinde yardımı olabilecek ya da ilerleyen çalışmalara ışık tutabilecek bir proje, insanlığın hastalıklarla mücadele etme sürecinde bir adım daha ilerlemesine katkı sağlayacaktır.

Shree, S. B., & Sheshadri, H. S. (2018). Diagnosis of Alzheimer's disease using naive Bayesian classifier. Neural Computing and Applications, 29(1), 123-132. Mucke, L. (2009). Alzheimer's disease. Nature, 461(7266), 895-897. Allam, A., & Gumpeny, R. S. (2012). Analyzing microarray data of Alzheimer's using cluster analysis to identify the biomarker genes. International journal of Alzheimer’s disease, 2012.